מושב מטע נמצא באזור הררי מיוער, כשמונה קילומטר דרומית מזרחית לבית שמש בסמוך לכביש 375 בקטע שבין צור הדסה לבין קיבוץ נתיב הל"ה.
בחלקו הנמוך של מושב מטע, בלב גרעין המושב מצוי "גן המעין" שהוקם סביב מעיין הכפר הערבי הקדום, עין עלאר. המעיין כמעט חרב ברוב ימות השנה ורק מעט מים מטפטפים אל ברכת בטון. יובל ראשי של נחל נחל זנוח מתחיל כ-2.5 ק"מ מזרחית למושב מטע, עובר סמוך למעין וממשיך בדרכו מערבה. כ-1 ק"מ ממערב למושב מטע בוקעים עוד שני מעיינות חשובים נוספים המזינים את נחל זנוח: עין מטע ועין תנור. בשני המעיינות נביעות פעילות בכל מהלך השנה, המשמשות חלק משבילי טיולים חשובים על 'שביל ישראל' העובר באזור. לא רחוק מעין מטע מצוי שביל מטיילים חשוב נוסף: דרך הקיסר, המתחיל בחורבת חנות.
